pitapaを使用し、カード読み込みをすると0円表示の為、精算できません。

pitapaの取り込みを行う際、選択する用件の必須設定にて、 小計を「任意」にして頂く事で金額が0円の明細行を追加する事が出来ます。
その後、金額を入力されるのであれば、駅すぱあと等を利用して検索した料金を編集してください。