消費税の端数処理（切上げから切り捨て等）を変更した場合、すでに支払確定された伝票の端数処理も再計算されますか？

再計算されません。

すでに支払確定されている伝票は、設定変更前の端数処理のまま計上（仕訳出力）されます。
過去の確定済み金額が自動で再計算されることはありません。

HRMOS経費では、消費税の計算は「最終承認時」に行われる仕様です。
そのため、設定変更後の端数処理が適用される伝票は以下の通りです。

• 設定変更後に新規で起票された伝票
• 申請後、承認が完了していない伝票