仕訳機能設定において「債務の仕訳」の「支払依頼債務」で「2：する(FB対象外は未払にしない)」を選択している場合、特定の支払方法（口座引落など）のみ未払仕訳（借方：費用 ／ 貸方：未払金 等）を出力することはできますか？

できません。 特定の支払方法（口座引落など）のみ未払仕訳、「費用 ／ 未払金 等」の仕訳を出力させる設定機能はありません。

仕訳機能設定において「債務の仕訳」の「支払依頼債務」で「2：する(FB対象外は未払にしない)」に設定している場合、FB対象外の伝票は「会計日」の日付で「借方：費用 ／ 貸方：現金（または設定された預金科目等）」の会計仕訳が生成されます。