不要になった承認フローマスターを削除した場合、過去の伝票に影響はありますか？また、非表示にする方法はありますか？

過去の伝票に影響はありません。
削除して問題ありません。

承認フローマスターは、伝票起票時に承認ルート情報が固定保存されます。
そのため、今後利用しないルートを削除しても、過去に処理が完了した伝票へ影響を及ぼすことはありません。

なお、承認フローマスターには非表示設定がございません。
一覧上に残したまま利用されない状態にしたい場合は、プログラムIDをすべて「0（どの機能にも適用しない）」に設定してください。