プロジェクトごとに承認フローを分けることはできますか？

可能です。

精算画面の [プロジェクト] 項目に該当プロジェクトを表示させ、
機能設定にて承認ルールを [プロジェクト] に変更することで設定できます。

【設定手順（管理者向け）】

1. [管理] > [機能設定] > 各機能名（[交通費精算] や [経費精算] 等）をクリックします。
2. [承認設定] の [承認ルール] にて [プロジェクト] を選択し、登録します。
3. [マスター] > [承認関連] > [承認フロー] にて、プロジェクト別の承認ルートを設定します。