支払日と会計日が同日の伝票を出力区分「会計」で作成した際、仕訳データが出力されないのはなぜですか？

仕訳機能設定にて「未払の仕訳」が [会計日と支払日が異なる場合に計上] に設定されているためです。

上記の設定になっている場合、支払確定時の「会計日」と「支払日」が同日（同じ日付）の伝票については、
会計仕訳（費用／未払金）は作成されず、支払仕訳（費用／預金）のみが作成される仕様となります。

同日の伝票を出力したい場合は、仕訳データ出力時の出力区分を「支払」に変更して出力を行ってください。