支払依頼書に印字されている消費税額と、仕訳データに出力される消費税額が異なるのはなぜですか？

帳票と仕訳データで目的が異なるための正常な仕様です。
それぞれの出力目的および動作は以下の通りです。

• 支払依頼書（帳票）：
  取引先へ支払う実際の取引金額を示すため、100%の消費税額を印字します。
   
• 仕訳データ：
  税務申告用の仕入税額控除対象額を出力します。
  免税事業者の場合は経過措置に応じた控除割合（80%等）の税額のみが消費税として計上され、
  控除できない金額（20%等）は本体（費用）に加算されます。